L'origine du drapeau : Le vert et le rouge sont les couleurs des croix des anciens Ordres d'Avis et du Christ, combinées sur le navire de guerre Adamastor, qui est à l'origine de la révolution républicaine. A ces couleurs fut ajoutée la sphère armillaire (instrument d'astronomie, symbole des rois conquérants portugais) évoquant les grandes découvertes portugaises.
Ce drapeau apparaît avec la république du Portugal en 1911 et la déposition de Manuel II de Bragance en 1910.
La symbolique reprend le vert foncé de l'espoir, le rouge du sang versé pour la patrie et la sphère armillaire représente le globe terrestre (symbole de l'histoire d'exploration maritime des grands découvreurs portugais). On y trouve également les armes de l'État — les sept châteaux ou citadelles de l'expansion territoriale, reprises sous le règne d'Afonso Henriques au XIIe siècle, dont celle de Lisbonne. Les cinq écus bleus sur l'écu blanc sont ceux de sa victoire sur les cinq rois Maures lors de la bataille d'Ourique en 1139 où il est proclamé roi. Les cinq monnaies byzantines disposées en croix (des points ou besants) reprennent la disposition des cinq plaies du martyr du Christ, au nom duquel Afonso Henriques défit ses ennemis.
Le drapeau contenait à la base six besants blancs dans chacun des cinq écus bleus, représentant ainsi les 30 pièces (6x5) pour lesquelles Judas aurait livré Jésus Christ.
En outre, le Portugal possède, tout comme la France, un coq pour emblème; il s'agit du galo de Barcelos le coq de Barcelos en français. Néanmoins celui-ci est traditionnellement représenté avec un plumage noir et une énorme crête rouge - on peut d'ailleurs trouver de petites poteries ou des tissus à son effigie dans le pays.
